AozoraEpub3のフォークしてますが、リリースビルドの仕方がよくわかってなかったのでいろいろ試してみました。eclipseの標準の機能でビルドすると、classpathが埋め込まれて4Mバイトぐらいのファイルになってしまった。
ライブラリを別フォルダーにする選択すると、ライブラリのフォルダーがlibではなくなってしまって。ライブラリの構造が変わってしまった。
結局どうしたかというと、ビルドをantのビルドツールで書いて手書きで出力を修正するということをした。上のリポジトリでいうとant.xmlになっている。一般的な名称でいうとbuild.xmlなのだろうか。
<copy file="${dir.buildfile}/lib/commons-cli-1.2.jar" todir="${dir.jarfile}/lib"/>
クラスパスがlib以外のフォルダーになっていたところをこのように手動で手直しをした。正規表現で一括して書き換えたんだけど。
なんとかかんとかリリースビルドができたので、興味があれば使ってください。
AozoraEpub3のフォルダーに突っ込んで、AozoraEpub3.jarに上書きするか、そのまま実行ファイルを残して別名にするかで動くようになると思う。

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JAVAは専門外で、なかなかハードなことをやっている気がするんだけど。このままAozoraEpub3のメンテナーをやるのかどうかが不安になっているのだが。